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Um Beja herum existieren Spuren von Niederlassungen schon aus sehr frühen Zeiten. Jedoch kam es erst unter römischer Vorherrschaft zu einer planmäßigen Entwicklung. Hier unterzeichnete im 1.Jahrhundert vor Christus Julius Cäsar einen Friedensvertrag mit lusitanischen Stämmen, die dieses Gebiet besetzt hielten. So wurde der Ort nun Pax Julia genannt und zur Verwaltungshauptstadt ernannt.

Das heutige urbane Bild Bejas beruht auf der Linienführung der alten römischen Stadt und die Tore Évora und Mértola waren die Eingänge der alten Stadtmauern. Die starke wirtschaftliche Entwicklung lässt sich an der großen Anzahl von archäologischen Fundstücken nachweisen, die man heute im Museu Regional Rainha D. Leonor sehen kann. In der Nähe von Beja befindet sich die Villa Romana de Pisões, die in einer realen Form Aufschluss über das Leben einer römischen Familie gibt.

Im 6.Jahrhundert besetzten die Westgoten das Territorium und blieben bis zum 13.Jahrhundert, als sie von maurischen Stämmen zurückgedrängt wurden, die sich in dieser Zeit bereits über den gesamten Süden der iberischen Halbinsel ausgebreitet hatten. Ein Besuch im Schwerpunktbereich der Westgoten des Museu Regional, das sich in der Kirche Santo Amaro befindet, ist obligatorisch, um den Einfluss westgotischen Kultur in der Stadt, die ihr Bischofssitz war, richtig verstehen zu können.

Seit dem Beginn der christlichen Rückeroberung im 12.Jahrhundert erlebte Beja turbulente Zeiten. Die Stadt konnte zwar im Jahre 1162 das erste Mal von den Christen zurückerobert werden, war aber im weiteren Verlauf das Ziel heftiger maurischer Angriffe und konnte definitiven Frieden erst im Jahre 1253 unter König Afonso III. finden, der sie wieder aufbaute, ihr im Jahre 1254 das Stadtrecht zuerkannte und sie zu einer wirtschaftlichen Spitzenposition führte. Ende des Jahrhunderts ließ König D. Dinis das Castelo errichten, dessen Torre de Menagem zum Exlibris der Stadt wurde.

Während des 15.Jahrhunderts, als König D. Afonso V. das Herzogtum Beja gründete und es seinem Bruder, Infante D. Fernando, zuschrieb, erlebte Beja erneute Momente einer starken Dynamisierung. König D. João II. ernannte seinen Cousin, den zukünftigen König Manuel I., zum Herzog von Beja, und von da an blieb das Herzogtum immer in der Hand des zweitgeborenen Sohnes der Könige. Dieses Mäzenatentum zeigt sich noch heute an einigen Gebäuden, die auf alle Fälle einen Besuch wert sind. So zum Beispiel das Konvent Nossa Senhora da Conceição, die Kirche der Misericórdia, das heute in eine Pousada umgewandelte Konvent São Francisco, die Kirche Santiago und die Kirche Pé da Cruz.

Zur Entdeckung der Stadt Beja hat die Região de Turismo da Planície Dourada die Initiative "Sons do Tempo" ins Leben gerufen, durch die der Besucher anhand eines Audiosystems mit Kopfhörern durch die Stadt geführt wird. Für einen Besuch empfiehlt sich insbesondere der März, wenn die Ovibeja stattfindet. Dies ist eine national wichtige Messe, auf der anhand der regionalen landwirtschaftlichen Produktion die Kultur, die Ethnografie und die Ökonomie dieses Landstrichs vorgeführt werden.