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Fue el primero monasterio de la Orden del Cister fundado en territorio portugues, en el siglo XII, en un lugar de fuerte tradición monástica, que se pone de manifiesto en la propia consagración del monasterio a San Juan, ya que, por norma, los cistercienses dedicaban sus abadías a la Virgen María.

Las innumerables donaciones recibidas (la primera, realizada por el primer rey de Portugal, D. Afonso Henriques), y una eficaz gestión de las adquisiciones, lo convirtió en los siglos XII y XIII en un lugar próspero, pues poseía un vasto patrimonio que se extendia por todo el norte y el centro del país. Hija predilecta de la abadía francesa de Claraval, de esta Casa madre dependían varios monasterios del norte de Portugal: Fiães, São Pedro das Águias y Santa María de Aguiar.

La disolución de las Órdenes monásticas en 1834 condujo a la transformación del templo en iglesia parroquial.