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Foi o primeiro mosteiro da Ordem de Cister fundado em território português, no séc. XII, num local de forte tradição monástica evidenciada na própria invocação do mosteiro a São João, já que, por norma, os cistercienses dedicavam as suas abadias à Virgem Maria.

As inúmeras doações recebidas (a primeira, pelo primeiro rei de Portugal, D. Afonso Henriques) e uma eficaz gestão das aquisições, tornou-o próspero nos séculos XII e XIII, possuindo um vasto património que se distribuía por todo o norte e centro do país. Filha dilecta da abadia francesa de Claraval, esta Casa-mãe filiou vários mosteiros: Fiães, São Pedro das Águias e Santa Maria de Aguiar. A extinção das Ordens em 1834 conduziu à adaptação do templo a igreja paroquial.

Está implantada junto do rio Varosa, pois era condição da Ordem que os edifícios fossem erguidos junto de cursos de água.

A fachada da igreja, reconstruída no séc. XVII, mantém uma inscrição com a data do início da sua construção: 1152. Sobre o portal encontram-se as armas da congregação, a imagem de S. João Baptista e as armas de Portugal. Na arquitectura do interior revela-se ainda a primitiva austeridade a que a época barroca acrescentou revestimentos de azulejo e de talha dourada.

Na cabeceira, um belo retábulo representa São Bento e São Bernardo e os painéis de azulejos dos inícios do séc. XVIII ilustram a história da fundação do mosteiro. A peça mais notável é sem dúvida o cadeiral barroco. Sobre os espaldares estão pintadas personalidades ligadas à Ordem de Cister emolduradas por um notável trabalho de talha em ouro. No órgão, não deixe de reparar numa figura de homem com barbas que marcava o compasso da música movimentando o braço e a boca. O quadro que representa São Pedro, num dos altares laterais, é atribuído ao mestre Grão Vasco.

Nesta abadia repousa D. Pedro Afonso, um dos filhos bastardos do rei D. Dinis, num enorme sarcófago em pedra de granito encimada pela estátua jacente e decorado com cenas de caça.